A. P. Møller Skolen indgår i Skoleforeningens fællesskolestruktur. Det betyder, at eleverne bliver i klasse sammen så længe som muligt. I 1. til 4. klasse går eleverne i grundskole. Her er der ingen niveaudeling i klasserne. Fra 5. til 10. klasse fortsætter eleverne i fællesskolen, hvor der vil være samlæsning i nogle fag og niveaudeling i andre.
Ved A. P. Møller Skolen modtager vi elever i fællesskolen fra 7. klasse. Eleverne kan afslutte med hovedskoleeksamen efter 9. klasse og realeksamen efter 10. klasse.
Ønsker eleverne at opnå studentereksamen, kan de fortsætte i fællesskolens gymnasiale overbygning.